Dans certains endroits difficiles d'accès, on peut retrouver  les restes de la faune primitive de Cuba comme le jutía conga (Capromys pilorides), le boa cubain, le majá de Santa María (Epicrates angulifer), et le Anolis lucius, un petit lézard endémique.
Une des zones les plus riches de la province en termes de diversité d'espèces est celle de la Ciénaga de Zapata (Marécage de Zapata). Y vivent une grande variété de mammifères et de rongeurs tel le jutía et plus spécifiquement, le "jutía enana" (Mesocapromys nana). On y rencontre également le cerf et le sanglier introduits intentionnellement ou accidentellement dans la région. Cependant, l'emblème incontesté des animaux de la région est le crocodile cubain (Crocodylus rombipher) même si l'alligator, (Crocodylus acutus) qui peut atteindre 13 pieds de long, peut être aperçu.
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