La nature aussi est amphitryon dans cet endroit. Dans les îles, il existe diverses formations végétales, à savoir, bois semi décidus, bois toujours verts, micropyles, marais, bruyères xéno morphes côtiers, avec des espèces prédominantes comme les « almacigos », guano des côtes, vignes sauvages, mangroves et cocotiers. De la flore terrestre ont été rapportés 706 espèces, desquelles 126 sont endémiques. Certaines ont des propriétés médicinales, ornementales, comestibles et constructives et peuvent être admirées au cours des sentiers d’écotourisme qui sont très intéressants comme Las Dunas et Las Dolinas à Cayo Coco.

Les zones de plus grande diversité et endémisme se trouvent principalement sur les îles les plus grandes. De la faune terrestre ont été rapportés 958 espèces dont 209 correspondent aux oiseaux, beaucoup d’entre eux migratoires. Spécialement attrayantes sont les colonies de flamants roses qui habitent cette zone, et dont les populations se calculent autour de 12 mil à 15 mil couples, ainsi que les ibis blancs, oiseau qui marche dans l’eau, endémique de la zone, qui pour sa couleur blanche est appelé coco, et pour laquelle à reçu son nom l’île de Cayo Blanco. On peut aussi rencontrer des mammifères, des amphibiens et de nombreuses espèces marines comme les pingres, mérous, raies, évêques, soles et espadons, entre autres.