En 1512, après deux colonies précédentes, la ville de  San Cristóbal de La Habana s'établissait finalement près du port de Carenas et par conséquent, en 1519 elle était officiellement fondée à l'endroit où selon les témoignages de l'époque, un grand arbre ceiba se trouvait et où le premier conseil municipal de la ville de la Havane était célébré. Le Templete, érigé en 1827 en mémoire de ce jour historique, et un nouveau ceiba font partie des célébrations annuelles qui se tiennent le 16 novembre. Quarante ans plus tard, la ville devenait la capitale de Cuba. Les attaques constantes des pirates et corsaires sur les côtes de Cuba obligèrent l'Espagne à établir un système de flotte par lequel les navires venant des ports des  Amériques se rassemblaient à La Havane pour ensuite naviguer escortés et sans danger en Espagne avec leurs précieuses cargaisons d'or et d'argent. Le port de la Havane a bénéficié de l'arrivée des flottes et le commerce a augmenté de façon substantielle.
Au cours du 18e siècle, un événement important se produisait. En 1762, en dépit d'un système de défense fortifié pour protéger la ville, La Havane était prise par les Anglais qui l'échangaient 11 mois plus tard contre la Floride.
Au début du 19e siècle, une tentative pour atteindre  l'indépendance connue sous le nom de La Conspiración de los Rayos y Soles de Bolívar eût lieu. Ainsi que la guerre d'indépendance, plusieurs actes de révoltes démontraient le refus du peuple de se soumettre à la Couronne espagnole. Géographiquement loin des hostilités de la Guerre des Dix Ans, la Havane a payé le prix, tout comme le reste du pays, pour la libération du pays. L'exécution de 8 étudiants en médecine, innocents, en 1781 prouve la violence de la répression coloniale.
Ce sera un trait constant de la Guerra Chiquita (Petite guerre) jusqu'au soulèvement du 24 février 1895.
Pendant les premières décennies de la république néocoloniale, le développement du communisme et des forces ouvrières se cristallisait à La Havane alors que le premier parti Marxiste-Léniniste était fondé en 1925.  Le développement des forces ouvrières était conjugué à un vigoureux mouvement démocratique et anti-impérialiste regroupant les révolutionnaires intellectuels.
Quelques décennies de luttes contre la corruption des gouvernements ont été necessaires pour atteindre l'indépendance. La guérilla dans les montagnes et les actions clandestines dans les villes ont mené au triomphe de la révolution le 1er janvier 1959. La Havane, capitale de la République de Cuba concentre les fonctions supérieures de l'appareil étatique.
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